dos so en dos rígidos

Hola, tengo un disco rígido de 40 GB con dos particiones (C y D, respectivamente). Paralelamente acabo de colocarle a mi PC un disco de 2,5 GB (unidad E). El disco de 40 está como master en el ide-0 y el de 2,5 como master en el ide-1. En el disco de 2,5 GB deseo instalar windows 98SE y en la partición C del otro disco windows XP Pro. Ambos discos están formateados (el de 40 GB en NTFS y el de 2,5 GB en FAT32). Tengo bien en claro que debo instalar primero el sistema operativo más antiguo y luego el más moderno. Mi duda es la siguiente: en todos lo foros y/o tutoriales en internet explican como realizar este procedimiento pero en un mismo disco físico con varias particiones; con lo que windows xp creará el gestor de arranque ¿Pero al ser dos discos físicos, también lo creará?. ¿U obligatoriamente me veré forzado a usar un gestor de arranque externo?. Quiero aclarar que mi bios no permite seleccionar el canal ide de booteo (sólo admite el dispositivo maestro del canal primario). Muchas gracias por la ayuda y perdón si el mensaje es muy largo.