Formateo de windows 2000

Hola a todos los listeros; necesito una solucion urgente; me salio un error al momento de iniciar mi PC (windows 2000)... una pantalla celeste q indicaba un error en uno de los discos duros, y me pedia dar chkdsk/F (habia un texto mas largo, pero eso es todo lo q recuerdo)... Como ya tenía planeado formatear mi PC desde hace un par de meses, crei q era una oportunidad para aprovechar... asi q por concejo de una persona, hice lo siguiente:
- inserte un disco de inicio de windows 98
- reinicie mi pc
- le di a:\\> format c:
- se formateo el disco C de la PC (al menos eso indicaba en la pantalla )
- Me pidió q le coloque un nombre (denomine a la unidad formateada GIS)
de ahi, hasta ahora he intentado instalar nuevamente el windows 2000, más no encuentro manera, ya q al insertarle el cd del windows 2000, en la pantalla me sle q no se puede correr desde el DOS. He visto el estado de las unidades q tengo en mi PC, y todo paraciera normal; C aparece vacío, D esta con los directorios y datos con los q trabajo... el problema esta en q el CD-ROM (q antes del problema aparecía como unidad E) ahora aparece como unidad F (lo cual afirmo debido a que veo los directorios del CD-ROm en esa unidad) y la otra unidad q me aparece ( q supongo q es la unidad F anterior ) es la unidad E, pero no veo mis archivos originales, sino archivos parecidos al disco de inicio y cuando le doy format e: me aparece
\"Formato no compatible con la unidad e:
formato terminado\"
Q es lo q esta pasando?Hay algo q deba hacer? o haya hecho mal?... espero haber sido los más didáctico posible ...

P.d. Quizás pueda ayudar esto: originalmente tenia solo un disco duro el cual lo divide en dos unidades ( C y D ) y la unidad de CD_ROM (E) posteriormente le aumente otro disco más ( el F ). Ayuda por favor...