Error de archivos duplicados

Escribo justo por esta parte del foro, mas que nada porque lo que yo uso en casa es windows y es donde me esta dando mas problemas, aunque tambin tiene que ver un Mac. Soy un estudiante de diseño grafico y lo que yo uso para trabajar desde casa es un Pc normal. Aunque lo que tengo que usar en clase son Mac porque es lo que hay, tenemos que usar lo que tienen. En problem viene a que muchos de esos trabajos los tengo que traer a casa, asique uso un usb normal. Pero luego cuando llego a casa, todos los archivo, TODOS, estan duplicados. Mas bien, salen los normales, que se abren bien, y los otros, que son semitransparentes, no se pueden abrir, estan por todas partes, y no hacen mas que quitarme espacio y ser un caos. Ademas, dicho asi no suena para tanto, pero, cuando tengo casi 8000 archivos en una carpeta de tipografias, es todo un caos. Para que me entedais mejor. abro la carpeta de y salen 100 normales, y 100 repetidas. Si luego entro a una de las normalas, cada archivo de tipografia esta tambien repetido, ademas de si hay alguna otra carpeta tambien lo esta. Y si entras a esa, lo de dentro tambien lo esta.

Porfavor, esta siendo demasiado, necesito una ayuda ya.