Sistema operativo en unidad C: es tomada como si estuviera en la unidad E:

Buenas tardes quiero consultar por algo que me resulta extraño y creo que no es normal resulta que tengo instalado en una unica particion de mi disco duro el sistema operativo windows 7 en la unidad C: pero cuando pongo el cd de instalacion de windows 7 para realizar una recuperacion del sistema; cuando el instalador windows 7 busca sistemas instalados en el disco duro me dice que tengo una sola instalacion y en la unidad E: la unidad E: es donde tengo el cd de instalacion windows; la pregunta es ¿porque si mi sistema operativo esta instalado en la unidad C: el instalador windows me refleja que lo tengo instalado en la unidad E algo esta pasando ahi, no es un error o una incongruencia ¿a que se debe eso y como puedo resolverlo? Gracias.