sos. problemas con el formateo

Veamos, antes de formatear el pc tenía dos discos duros c y d. En el primero se me instalaban todos los programas y el segundo estaba totalmente vacio, y cuando quería poner algo copiaba de c a d, y ya estaba.
El caso es que ahora al formatearlo, se me han quedado como dos discos duros independientes, con sus respectivos archivos de programa.
¿dónde me he equivocado al hacer el formateo?
También me gustaría saber si puedo de momento eliminar el disco d del ordenador y quedarme de momento sólo con el disco c.
Gracias