Problemón con el MBR, Lilo and company....

Gracias por adelantado. Tengo en mi ordenador dos Hd= uno de 80 gigas con dos particiones y el MBR, y otro de 4 gigas en el que originalmente tenia un linux y aora tengo otro windows (todos los windows son 2000 profesional). Pues bien, ahora, aunque en el 2º disco no tenga linux ni (creo) el lilo, necesito que el 2º disco este conectao a la 2º ide para que arranque el ordenador: Pasa lo siguiente sin el 2º disco: lo pongo correctamente como primary boot pero a la hora de arrancar se me llena la pantalla de 0 y 1... y na de na. Con el 2º disco, me salta el lilo y a partir de el puedo meterme en windows. He probado a reinstalar en todas las particiones un windows por si asi pisaba el MBR y el lilo, pero nada... todo sigue igual.
Me han comentado que me puedo cargar el MBR con un fdisk /mbr, pero nose muy bien como va el tema y no puedo perder la informacion del disco de 80 G. Muchas gracias...