Problemas con CD sin autoarranque

A ver si alguien me puede ayudar.
Resulta que he formateado un pc con Pentium II MMX y a la hora de instalar el sofware todo resulta perfecto, pero a la hora de meterle un cd con archivos que habia copiado anteriormente al formateo me encuentro con que no reconoce el disco. Lo mismo me pasa tanto en el lector como en el grabador. He deducido que solo lee los cd´s con auto run. Por que me pasa esto y como puedo solucionarlo...
Creo recordar haber leido algo en alguna ocasion pero no recuerdo donde, y el caso es que a un amigo le pasaba lo mismo.

Gracias de antemano. :)