Almacenamiento de documentos escaneados

Hola. Por lo general la aplicación que te venga con el scanner debería tener una opción para añadir escaneos al mismo documento y que los guarde todos a la vez.
Sino tienes dos alternativas más. Puedes guardar cada escaneo en pdf, que me imagino que será una de las formas que te guarda automáticamente, para luego utilizar cualquier web de pdfmerge como por ejemplo esta del propio adobe Unir PDF online: Junta varios PDF en uno gratis o si ya tienes el adobe instalado tienes que tener esa función ahí.
Y la segunda manera, aunque un poco más cutre, sería guardar los escaneos en JPG, ir pegando todas las fotos a página completa en un WORD y luego exportar ese documento a PDF​.​​

A mi me gusta la aplicación naps2 https://www.naps2.com. Sirve precisamente para escanear varias páginas desde el cristal o el alimentador automático y guardarlas como un documento pdf. Además es gratuito y de código abierto.

Muchas gracias por vuestras respuestas. Me han sido de gran utilidad. Ya puedo hacer lo que quería. Saludos