dos discos duros

Hola en primer lugar un saludo, decir q tengo poquita idea de esto y q igual digo alguna tonteria. Bien, mi problema es q tengo dos discos duros en uno tengo xp profesional y en otro no tengo ningun sistema operativo solo para guardas carpets y cosas, bien anteriormente tenia intalado el w98, ahora con xp algunos programas no me van, quisiera saber sien el dico duro q no tengo ningun sistema podria poner el w98 y como deberia hacerlo, si alguien me puede ayudar y me lo explique como al mas malo de la clase, gracias.